Pada liburannya di sebuah pulau, Conan dan kawan-kawannya mendengar tentang sebuah harta karun bajak laut. Jolly Roger (bendera digunakan oleh bajak laut) menyimpan misteri mengenai keberadaan harta jadi incaran para pemburu harta karun.

Demi mendapatkan harta karun itu, para pemburu harta karun tidak segan mencelakakan orang lain. Di mana, Ran kemudian harus menjadi umpan perangkap untuk membuka kunci ke harta itu. Bisakah Conan memecahkan misteri harta karun dan menyelamatkan temannya di pulau tersebut?