Terjadi pembunuhan secara misterius di berbagai daerah di seluruh dunia. Tersangka merupakan seorang mata-mata yang menyusup ke Badan Kepolisian Nasional Jepang, untuk mengambil file rahasia MI6 Inggris, BND Jerman, CIA, dan FBI Amerika. Sebelum berkas rahasia itu diambil, Rei Furuya bersama pasukan polisi berusaha untuk mencegat mata-mata tersebut.

Lalu, Agen FBI Shuichi Akai menembak dan menabrakkan kendaraan seorang mata-mata itu. Keesokan harinya, Conan dan Detective Boys menemukan seorang wanita terluka dengan heterochromia "mata ganjil" yang menderita kehilangan ingatan.

Setelah memutuskan membantu wanita itu mendapatkan kembali ingatannya, Conan dan Detective Boys tengah berada di pengawasan Vermouth. Wanita yang ditemui Conan itu ternyata anggota baru Organisasi Hitam.