Insiden pemboman menghentikan semua perayaan pembukaan kereta bawah tanah Tokyo yang baru, Jalur Touto. Saat dalam kereta, Gubernur Tokyo terperangkap dalam ledakan tersebut. Untungnya, dia dan semua orang lainnya bisa diselamatkan oleh tindakan Conan.

Setelah Conan meneliti sejarah politik gubernur, ia menemukan bahwa pria tersebut juga bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata, yang dibuat untuk membangun Bendungan Kitanosawa. Ada apa sebenarnya di balik ini semua?